Hefði áhrif á þrjár ár á svæðinu
Framkvæmdin myndi hafa áhrif á þrjár ár; Skaftá sjálfa, Syðri-Ófæru og Tungufljót. Skaftá yrði tekin úr farvegi sínum við Hólaskjól og veitt tilbaka við Búland. Þetta myndi þýða að farvegur Skaftár yrði vatnslítill eða nær þurr á 14-15 km belti. Framkvæmdin myndi einnig hafa áhrif á Syðri-Ófæru sem tekin yrði rétt áður en hún rennur í Skaftá, og Tungufljót en þar yrði stíflað í Rásgljúfri og miðlunarlónið á Þorvaldsaurum yrði í farvegi þess. Talið er að vatnsmagn í Tungufljóti þar sem það rennur í Kúðafljót myndi minnka um 50% og áin yrði í raun ekki lengur til í núverandi mynd.
Mannvirki og stíflur myndu rísa
Þó nokkur mannvirki myndu rísa ef af virkjun yrði ásamt tilheyrandi raski. Reist yrði stífla þvert yfir Skaftá rétt ofan Hólaskjóls. Þarna rennur Skaftá á breiðum aurum umkringd grónu hrauni í fjölbreyttu landslagi. Stíflan yrði um 2,5 km á lengd og 8 m á hæð þar sem hún er hæst og mjög áberandi í landslagi, til dæmis ofan af vinsælum útsýnisstað austan Eldgjár þar sem ferðamenn litast um þegar þeir fikra sig niður af veginum frá Fjallabaki. Upp frá stíflunni er gert ráð fyrir að byggja garð yfir 2 km leið upp með Skaftá, garð sem lægi eins og farvegur árinnar nokkurn veginn þvert á stífluna. Á þessum slóðum liggur vegurinn frá Fjallabaki niður að Skaftá og þar renna lindalækir í jökulána í fjölbreyttu og vel grónu hrauni. Einnig þarna vilja ferðalangar nema staðar, taka myndir og virða fyrir sér litla náttúruperlu sem mun gjörbreytast við framkvæmdina. Talsvert stórt (næstum 10 km²) en grunnt lón mun verða í breiðum en grunnum dal sem Tungufljót rennur um og í virkjanaskýrslum er kenndur við Þorvaldsaura. Dalurinn er þó að heita má algróinn. Þar sem afrennsli virkjunarinnar er skilað tilbaka út í Skaftá er gert ráð fyrir frárennslisskurði, varnargarði og einni stíflu í viðbót sem ætlað er að beina vatninu til austurs, eftir farvegi Skaftár meðfram Síðuheiðum. Nýir vegir og slóðar yrðu lagðir við stífluna, sunnan stíflunnar á Þorvaldsaurum og við og norðan Búlands.
Væri flókin í rekstri
Talið er að virkjunin yrði flókin í rekstri. Í vestanverðum Vatnajökli eru virk jarðhitasvæði sem kennd eru við Skaftárkatla. Hvor ketill um sig tæmist árlega eða annað hvert ár og koma hlaupin fram í Skaftá. Þeim fylgir gríðarlegur aurburður. Hann má ekki komast í hið fyrirhugaða grunna miðlunarlón, né í hverfla virkjunarinnar, og þess vegna er áformað að hleypa ánni framhjá virkjuninni, sína réttu leið, í Skaftárhlaupum. Gert er ráð fyrir að miðhluti stíflunnar yfir Skaftá verði útbúinn með gúmmílokur sem hægt verði að leggja niður og hleypa þannig flóðinu niður eftir ánni en að hlaupi loknu verða þær blásnar upp aftur í fulla stífluhæð. Ekki hafa verið birtar upplýsingar eða spár um hversu langt aurburður flóðanna mun ná að berast eftir ánni, hvar hann situr eftir eða hversu miklu áfoki má búast við, t.d. í þeim hluta árinnar (allt að 15 km á lengd) sem verður nær þurr eftir framkvæmdina.
Fyrirsjáanlegt er að aur myndi hlaðast upp ofan við stífluna í Skaftá en ekki liggur fyrir mat á því hversu mikið magnið yrði né hvernig ætti að fjarlægja hann eða hvar ætti að koma honum fyrir.
Margir fossar myndu þorna upp
Neðan uppistöðulónsins myndi rennsli árinnar breytast og margir fossar nálægt Skaftárdal þorna upp að mestu. Að öllum líkindum bærist því minna af seti til sjávar. Setið sæti eftir og fok ykist yfir vetrarmánuðina.
Fokhætta og önnur umhverfisáhrif
Mikil óvissa er um umhverfisáhrif virkjunarinnar, t.d. er mikil óvissa um fokhættu frá aur í farvegi Skaftár, einkum á þeim hluta sem þornar með framkvæmdinni og frá framburði sem safnast fyrir ofan stíflunnar. Gert er ráð fyrir að vatn yrði farið að safnast í lónið um mánaðamótin apríl-maí og að það yrði orðið fullt nálægt miðjum júní. Snemma vors gæti því verið fokhætta úr lóninu en á svæðinu er þykkur áfoksjarðvegur og verulegt set myndi berast inn í lónið með ánni.
Tíðni Skaftárhlaupa gæti aukist
Þá virðist virkni Skaftárkatla vera að aukast og mun það að öllum líkindum viðhalda og jafnvel auka tíðni Skaftárhlaupa og þar með magni þess sets sem sitja mundi eftir í farveginum. Ekki er vitað hvaða áhrif fok frá uppistöðulónum og farvegi gætu haft á lífríki sjávar.
Áhrif á grunnvatn, lindir og veiði
Áhrif framkvæmdarinnar á grunnvatn og lindir í byggð eru mjög óviss en gætu orðið veruleg og afdrifarík. Við Botna í Meðallandi, nánast í miðju Eldhrauninu, koma upp vatnsmiklar lindir (5.-6. stærsta lindasvæði á Íslandi) og í austurjaðri hraunsins eru lindirnar sem mynda Grenlæk og Tungulæk. Talið er að þetta vatn eigi sér þrenns konar uppruna: í úrkomu sem fellur á hraunið, í leka frá Skaftá gegnum hraunið og að lokum bræðsluvatn undir jarðhitaáhrifum sem runnið hefur neðanjarðar eftir fornum gljúfrum Skaftár (sem fylltust af hrauni í Skaftáreldum) alla leið frá Vatnajökli en kemur fram í lindunum. Mjög óvíst er hvernig og að hvaða marki virkjun Skaftár gæti haft áhrif á þessar lindir sem búa yfir margs konar verðmætum. Þær eru fágæt náttúrufyrirbæri á heimsvísu og verndargildi þeirra mikið. Um er að ræða eitt af stærstu lindasvæðum landsins, lítt snortið og í fögru og sérstöku umhverfi. Óvíst er hvaða áhrif breyting á lindunum gæti haft á fuglalíf, vatnalíf og votlendi í Meðallandi og í Landbroti. Miklir fjárhagslegir hagsmunir eru í veði vegna veiði í Tungulæk og Grenlæk auk þess sem vatnið er nýtt í fiskeldi.
Mikilvægt svæði til beitar
Lónsstæðið er á grónu svæði sem hingað til hefur verið mikilvægt til beitar. Þetta er á svæði þar sem þarf að fara varlega í beitarmálum, meðal annars vegna nálægðar við virkustu eldfjöll landsins.